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我國房地產稅費制度存在的主要問題
我國現行房地產稅收制度主要涉及14個稅種，目前實際征收的有12種。按照征稅發生的環節區分，可以分為房地產的取得、保有和流轉三個環節的稅收。發生在房地產取得環節的稅收有兩種，即耕地占用稅和固定資產投資方向調節稅，但后者已暫停征收。耕地占用稅的征稅對象是占用耕地建房和從事其他非農業建設的行為。針對房地產保有環節的稅收有三種，分別是城鎮土地使用稅、房地產稅和城市房地產稅。
在房地產流轉環節，我國目前設置的稅種主要有營業稅、企業所得稅、外商投資企業和外國企業所得稅、個人所得稅、房產稅和城市房地產稅（此環節兩種房產稅均按照納稅人出租房產的租金收入計征）、土地增值稅、印花稅、契稅、城市維護建設稅。此外，與城市維護建設稅征收方式類似的教育費附加也可以視同稅收。
我國目前與房地產相關的收費項目繁多，且各地方的情況差異較大。就一般情況而言，收費項目在數十種之多，收費的性質有的屬于地租，有的屬于服務成本代償。收費一般進入地方財政的預算外資金，成為地方財政收入的重要補充。
一、稅費種類繁多，稅租費概念混淆不清
目前我國與房地產直接有關的稅種多達14種，其中實際征收的有12種，占我國實際征收稅種數量（24種）的一半。收費項目就更加繁雜，一般都在幾十種，多的地方甚至超過百種。
稅、租、費本來各自性質不同。稅收是國家憑借其政治權力強制、無償、固定地占有的一部分國民收入，是補償政府提供普遍服務所需的代價；地租是土地所有者憑借其土地所有權向土地使用者索取的使用土地的報酬，體現的是一種純粹的經濟關系；費則是政府有選擇地補償為特定公民群體提供特定服務所需費用，解決的是享受特殊服務的公民與非享受特殊服務公民之間的公平負擔問題，體現的是政府及有關部門與土地使用者間的等價交換關系。
我國目前房地產稅費體系中租、稅、費混雜現象嚴重，以稅代租、以費代稅、以稅代費、以費代租的現象都有存在。由于三者之間界限混淆，降低了稅收的嚴肅性、規范性，滋長了亂收費的不良風氣，也使得稅收的宏觀調控功能受到了限制和削弱。
二、稅制結構不合理，房地產保有環節稅負畸輕而流轉環節稅負畸重
目前我國房地產稅制政策基本上是不賣不稅，不租不稅，一旦租售，則數稅并課，造成房地產保有環節稅負畸輕而流轉環節稅負畸重。如對土地而言，取得環節的耕地占用稅和使用環節的城鎮土地使用稅稅額標準均較低，起不到調節土地級差收益，促進高效、集約用地的作用；對房產而言，保有環節的房產稅對所有非營業用房一律免稅，起不到作為財產稅對收入分配進行調節的作用。
而在房地產的流轉環節，除了稅費種類繁多以外，土地增值稅的稅率高達30%-60%，若再加上5%的營業稅和33%的企業所得稅，企業的實際平均稅負水平達到40%以上，高于世界多數國家和地區的水平。流轉環節的稅負過高，不僅阻礙了房地產市場的形成和發展，也使逃稅等規避和投機行為多發，使稅收的嚴肅性受到挑戰。
三、稅制本身存在有欠公平之處
主要體現在內外稅制不統一和城鄉稅制不統一兩個方面。內外稅制的不統一使內資企業的稅負高于外資企業（具體差異見右表），有悖于WTO的國民待遇原則和公平競爭的原則。城鄉稅制的不統一指的是城鎮企業的房地產征稅而農村企業的房地產不征稅，同樣造成不公平競爭，也不利于促進農村土地的集約化利用。
四、計稅依據不科學，征管漏洞大
由于我國尚未建立起房地產評估制度，使得房地產的占有、使用和轉讓交易等諸多方面的計稅依據難以合理確定。目前也還缺乏對房地產的嚴格的注冊登記制度，使納稅人在納稅申報時有弄虛作假的機會，而稅務機關對此又無法查實。
五、房地產行政事業收費體系混亂，重復收費，計征不規范
各地的行政收費不同程度地存在如下現象：
①市政建設重復收費，如企業繳付了土地出讓金，還要繳納綜合性的市政建設配套費、單向性的配套設施建設費，有的地方還要以實物向有關部門提供居委會、派出所、中小學校舍等設施，類似的配套設施費用往往占繳納總費的70%-80%.
②征地費與土地使用費重疊。
③對土地轉讓收益重復計征。
④某些管理費重復收取，部分收費項目不合理。
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