5月12日，國家稅務總局下發了《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號），這是國家稅務總局在原來下發的《關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）和《土地增值稅清算業務準則》（國稅發〔2007〕132號）基礎上，總結完善的最新的清算政策，新政策從2009年6月1日起施行。筆者認為，納稅人應該關注以下幾個方面。

　　清算前管理力度加大

　　一是實施項目管理。主管稅務機關將從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺賬，對納稅人項目立項、規劃設計、施工、預售、竣工驗收、工程結算、項目清盤等房地產開發全過程情況實行跟蹤監控，做到稅務管理與納稅人項目開發同步。二是關注會計核算。納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，稅務機關將督促納稅人根據清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。三是實施專用票據。納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，主管稅務機關可結合發票管理規定，對納稅人實施項目專用票據管理措施。也就是說，稅務機關可以根據不同的開發項目，實行專用預售票據和專用銷售票據。

　　清算分為“自行清算”和“要求清算”兩種

　　對于自行清算的，納稅人必須按照規定的時間和要求主動清算；對于要求清算的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的情況下，再按規定清算，也可以理解為不通知不清算。納稅人符合下列條件之一的，要自行進行土地增值稅的清算：（1）房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；（2）整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；（3）直接轉讓土地使用權的。

　　對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：（1）已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；（2）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（3）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的（應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算）；（4）省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。

　　無論是自行清算還是要求清算，納稅人應當在滿足條件之日起90日內或在收到清算通知之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。主管稅務機關受理納稅人清算資料后，應在一定期限內及時組織清算審核。清算審核結束，稅務機關應當將審核結果書面通知納稅人，并確定辦理補、退稅期限。

　　明確規定項目清算單位

　　以什么為清算單位是涉及稅收負擔大小的關鍵。如果將增值額較大的清算單位和較小的合并清算，則可以降低稅負；如果分開清算，則增值額較大的開發項目納稅多，總的納稅負擔會增加。稅法還規定，普通標準住宅增值額不超過20%的，可以享受免稅優惠，但要求分開核算，否則不能免稅。

　　舉例：某房地產開發公司開發商住混合樓項目，商業項目面積1000平方米，普通標準住宅面積為5000平方米，合計6000平方米。該混合樓項目土地成本為120萬元，房屋開發成本600萬元，其他費用按比例扣除。假如該商業項目收入為500萬元，普通標準住宅收入為500萬元，合計1000萬元。營業稅金及附加55萬元。

　　（1）商鋪和住宅合并一個單位計算土地增值稅：扣除項目＝土地成本＋房屋開發成本＋費用扣除10%＋加計扣除20%＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10%＋（120＋600）×20%＋55＝991（萬元）。

　　增值額＝收入－扣除項目＝（500＋500）－991＝9（萬元）。增值率＝增值額÷扣除項目×100%＝9÷991×100%＝0.9%。低于50%，適用30%的稅率。應納的土地增值稅：9×30%＝2.7（萬元）。

　　（2）將普通住宅和商鋪分為兩個清算單位計算土地增值稅（按面積分攤成本費用）：普通標準住宅扣除項目為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增值額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增值額不納稅。

　　商業扣除項目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用50%的稅率；商業項目應納土地增值稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。

　　計算結果可知，將商鋪和住宅合并計算土地增值稅為2.7萬元，分開計算則應納稅130多萬元。在實踐中，對于同一個開發項目中有不同類型房地產的，有的稅務機關允許納稅人自行選擇是否分開核算分別清算繳納增值稅。但新文件第十七條規定，清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。

　　也就是說，納稅人不能將不同類型房地產、分期開發的項目和不同審批備案的項目合在一起清算，避免平均不同清算單位增值額的現象。

　　解決了扣除項目的五個模糊點

　　（1）計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除，且扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發生的。這一點與房地產企業所得稅中對有些成本費用可以預提扣除的規定不同。

　　（2）拆遷補償費不一定需要取得稅務發票，但強調是否實際發生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應。

　　（3）要求正確區分開發成本和開發費用。由于計算土地增值稅扣除項目時，開發成本可以加計20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發成本，可能將在期間費用中列支的開發費用也計入前期工程費、基礎設施費或開發間接費用，以擴大扣除金額，少計算增值額從而少納稅。因此，稅務機關不允許將開發費用計入開發成本中的前期工程費、基礎設施費和開發間接費用等。

　　（4）采取以建筑發票控制建筑安裝成本。根據營業稅法規定建筑業勞務在施工地納稅原則，要求開發企業取得的建筑安裝發票在項目所在地稅務機關開具，便于控制虛假的支出。同時審核建筑安裝工程費發生的費用是否與決算報告、審計報告、工程結算報告、工程施工合同記載的內容相符；開發企業采用自營方式自行施工建設的，關注有無虛列、多列施工人工費、材料費、機械使用費等情況。

　　（5）將利息支出從房地產開發成本中調整至開發費用。按照會計制度規定和企業所得稅法規定，企業借款利息支出，在開發產品完工之前，應該實行資本化處理計入開發產品成本。但土地增值稅法規定，利息費用要單獨計算，不計入開發成本，更不得計入加計扣除基數。