2010年1月26日，國家稅務總局發布了《國家稅務總局關于建筑企業所得稅征管有關問題的通知》（國稅函[2010]39號）一文，文件按國稅發[2008]28號文精神，對跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）經營建筑企業所得稅征收管理問題做出了三項明確規定：

　　第一、實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格執行國稅發[2008]28號文件規定，按照“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅。

　　第二、建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。

　　第三、各地稅務機關自行制定的與本通知相抵觸的征管文件，一律停止執行并予以糾正；對按照規定不應就地預繳而征收了企業所得稅的，要及時將稅款返還給企業。未按本通知要求進行糾正的，稅務總局將按照執法責任制的有關規定嚴肅處理。

　　國稅函[2010]39號是企業所得稅法人稅制制度的重要體現，國家稅務總局面對地方各級稅務機關對建筑企業異地經營稅源的爭奪，對建筑企業異地施工的所得稅征管體系作了上述規定，對跨地區經營建筑企業而言，值得稱贊。

　　但僅僅幾個月以后，2010年4月19日國家稅務總局又發布了《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）文，對建筑企業異地施工的所得稅管理模式進行了調整和補充。不少地方值得納稅人關注：

　　（一）堅持法人所得稅制原則下，對征管方式作出調整。

　　第一，國稅函[2010]156號重申國稅函[2010]39號中關于實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業需要就地預繳企業所得稅的規定：

　　實行總分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格執行國稅發[2008]28號文件規定，按照“統一計算，分級管理，就地預繳，匯總清算，財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅。

　　可見，企業所得稅法人稅制仍是建筑企業跨地區經營企業所得稅征收管理所需遵循的基本精神。

　　第二，不就地預繳的不符合二級分支機構條件的項目部范圍縮小。國稅函[2010]39號規定：建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。

　　國稅函[2010]156號規定：建筑企業所屬二級或二級以下分支機構直接管理的項目部（包括與項目部性質相同的工程指揮部、合同段等，下同）不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額應匯總到二級分支機構統一核算，由二級分支機構按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法預繳企業所得稅。

　　上述變化可以看到，總機構直接管理的不符合二級分支機構條件的項目部排除在不就地預繳企業所得稅的范圍之外。

　　第三，規定了總機構直接管理的跨地區設立的項目部預繳比例和方式。

　　國稅函[2010]156號規定：建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。

　　例如，某建筑企業總公司設在北京，并在上海、杭州設有分公司（假設符合二級分支機構的條件）。總機構派出項目部在成都施工，上海分公司派出項目部在寧波施工，杭州分公司派出項目部在廣州施工。（假設成都、寧波、和廣州的項目部都不屬于二級分支機構）

　　按國稅函[2010]39號規定，成都項目部的收入、費用、資產應納入總機構統一計算，寧波項目部應納入上海分公司統一計算，廣州項目經理部應納入杭州分公司統一計算，最后再按照國稅發[2008]28號文件進行操作。因此，該企業雖然在成都、寧波、和廣州設立了項目部，但是并不需要就地預繳企業所得稅。

　　但根據國稅函[2010]156號規定，成都項目部屬于總機構直接管理的跨地區設立的，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。

　　上述變化可以說是國家稅務總局，面對地方各級稅務機關稅源利益訴求，而作出妥協而產生的結果。但上述調整一方面堅持了法人所得稅制的原則，另一方體現了稅源地利益要求。

　　（二）對總機構應匯總計算企業應納所得稅的預繳方法作出明確

　　國稅函[2010]156號分三種情況，對總機構應匯總計算企業應納所得稅的預繳方法作出了明確：

　　（1）總機構只設跨地區項目部的，扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，按照其余額就地納；

　　（2）總機構只設二級分支機構的，按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款；

　　（3）總機構既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，再按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款。

　　（三）重新強調外出經營活動稅收管理證明

　　國稅函[2010]156號規定：跨地區經營的項目部（包括二級以下分支機構管理的項目部）應向項目所在地主管稅務機關出具總機構所在地主管稅務機關開具的《外出經營活動稅收管理證明》，未提供上述證明的，項目部所在地主管稅務機關應督促其限期補辦；不能提供上述證明的，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅。同時，項目部應向所在地主管稅務機關提供總機構出具的證明該項目部屬于總機構或二級分支機構管理的證明文件。

　　國稅函[2010]39號出臺后，不少人認為跨地區經營的建筑企業所得稅的征收不再和外出經營證明相掛鉤，無論是否開具外出經營證明，都不存在建筑企業在施工項目所在地就地隨票附征企業所得稅的問題。但此次，國稅函[2010]156號重新強調外出經營活動稅收管理證明，對上述觀點是當頭一棒。

　　重新強調外出經營活動稅收管理證明，建筑企業會擔心無法擺脫《國家稅務總局關于建筑安裝企業所得稅納稅地點問題的通知》（國稅發[1995]227號）下將企業所得稅管理與外出經營證掛鉤，被重復征稅的厄運。個別地方稅務機關必然會出于稅源利益保護的需要，緊緊抓住這個政策不放，對轄區內的異地施工項目部征收企業所得稅。而項目部回到自己的總機構所在地，總機構所在地主管稅務機關認為這部分稅款并不符合國稅發[2008]28號文件的規定，不允許其抵繳被征稅款。

　　此外，國稅函[2010]156號對明確建筑企業辦理企業所得稅年度匯算清繳主體、附送資料、適用范圍以及執行時間作出了規定：

　　建筑企業總機構應按照有關規定辦理企業所得稅年度匯算清繳，各分支機構和項目部不進行匯算清繳。總機構年終匯算清繳后應納所得稅額小于已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳企業所得稅。

　　建筑企業總機構在辦理企業所得稅預繳和匯算清繳時，應附送其所直接管理的跨地區經營項目部就地預繳稅款的完稅證明。

　　建筑企業在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市設立的跨地（市、縣）項目部，其企業所得稅的征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局共同制定，并報國家稅務總局備案。

　　因此，建筑企業在統一省、自治區、直轄市或者計劃單列市范圍內，跨地區經營，其具體的征收辦法還要看所在地省、自治區、直轄市或者計劃單列市稅務機關的政策規定。

　　國稅函[2010]156號自2010年1月1日起施行，因此對建筑企業2009年度企業所得稅匯算清繳沒有影響。