1993年12月31日國務院第134號令發布了《中華人民共和國增值稅暫行條例》，同年12月25日財政部發布了《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》，兩者均從1994年1月1日起實施，增值稅作為流轉稅主體稅種之一，其在運行過程中已突顯其存在的諸多問題，具體表現了以下幾個方面：

　　一、在法律上存在著缺陷。

　　1、依據《中華人民共和國稅收征管法》第35條第6款稅務機關有權核定其應納稅款情形之一是指“納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。”和第36條“企業或者外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構、場所與其關聯企業之間的業務往來，應當按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用；不按之間的業務往來收取或者支付價款、費用，而減少其應納稅的收入或者所得額的，稅務機關有權進行合理調整。”上述兩條在對增值稅日常征管中已顯現出法律條款制定時的缺陷，如甲乙兩企業為增值稅納稅人且為關聯企業，甲企業為廢舊物資收購企業，又符合免征增值稅的一切要件，乙企業為增值稅一般納稅人，甲企業通過加價形式即高于無關聯的第三方價格銷售給乙企業，乙企業依法取得甲企業開具的廢舊物資收購專用發票的10%計算抵扣進項稅額，《征管法》第35條第6款和第36條中未列明“計稅依據明顯偏高，又無正當理由的”情形，在增值稅征管過程中找不到法律依據來對甲企業實施查處，對乙企業也未作進項稅額轉出的相關規定。2、關于納稅人外出經營活動管理時限的設定容易出問題。根據《征管法》實施細則第21條所稱“從事生產、經營的納稅人外出經營，在同一地累計超過180天的，應當在營業地辦理稅務登記手續。”國稅發[2003]47號文又對細則第21條作出解釋為“應當是以納稅人在同一縣（市）實際經營或提供勞務之日起，在連續的12個月內累計超過180天。”上述的規定在稅收實際工作中遭遇尷尬一是與國際慣例不符二是按照公歷計算一般半年為181天或182天或184天三是納稅人在累計至179天停業，在第181又開業或復業又只能從頭算起，易造成漏管戶的發生。

　　二、總局規范性文件與行政法規相沖突。

　　根據《征管法》第23條“國家根據稅收征收管理的需要，積極推廣使用稅控裝置，納稅人應當按照規定安裝，使用稅控裝置，不得損毀或擅自改動稅控裝置”，這一條表明了法律賦予稅務機關推廣使用稅控裝置的權利，于是國稅發（2000）183號規范性文件規定“自2000年1月1日起，企業購置增值稅防偽稅控系統專用設備和通用設備發生的費用，準予在當期計算繳納所得稅前一次性列支；同時可憑購貨所取得的專用發票所注明的稅額從增值稅銷項稅額中抵扣”，而《中華人民共和國增值稅暫行條例》中第10條第1款規定“購進固定資產”不得從銷項稅額中抵扣，顯而易見，總局規范性文件與行政法規發生了沖突。在稅收實際工作中，以“適當減輕企業使用稅控系統的經濟負擔”來解釋，也是對行政法規滯后于征管需要的無奈之舉。

　　三、“三小票”在增值稅抵扣設計上的問題。

　　具體表現在：1、“交通運輸發票”、“農副產品統一收購專用發票”、“廢舊物資統一收購專用發票”均由手工開具，沒有全國統一的制式，也沒有有效的防偽措施，很容易被虛開和仿制，而且不易分辨真偽，業務的真實性也較難確定，同時還存在著大量的現金交易。2、在專項檢查中，發現“三小票”已從過去單一的商貿企業逐步蔓延到生產型企業，從而導致增值稅納稅人由零申報、負申報向低稅負正常申報轉變，如“鐵本”案件，淮安的“2.26”案件，“河南許昌”案件，這些特大案件的發生，不得不引起我們對外部和內部管理以及“三小票”可以抵扣進項稅額的反思。

　　四、企業的庫存商品如何處置引發爭議。

　　在稅收征管工作中，對企業的庫存商品如何處置？基層一線人員普遍感到困惑或棘手，具體表現在：1、增值稅一般納稅人被取消資格后仍然生產經營的，針對其未實現銷售的庫存商品，有的人認為應按生產型企業6%的征收率、商業企業4%的征收率征收增值稅；有的人認為，未實施銷售的庫存商品，在購進時已被企業依法申請全額抵扣了，應按其適用稅率進行進項稅額轉出補繳增值稅，不存在重復繳稅的情形，但在實際操作中這一做法又找不到法律依據。2、針對依法申請注銷的庫存商品如何處置，有的人認為稅務機關在批準其注銷之前，應將這部分未實現銷售的庫存商品應作進項稅額轉出補繳增值稅，有的人認為不應作為進項稅額轉出，其庫存商品任由自然人處置，就有可能引起惡意注銷的情形發生。3、改變稅務機關的納稅人，有的人認為在注銷稅務表中注明其庫存商品，納稅人必須向遷入地稅務機關提供此項資料，遷出地稅務機關也可向納稅人擬遷入地稅務機關網上公布其庫存商品，以便遷入地稅務機關對其管理。

　　五、對新辦商貿企業界定為增值稅一般納稅人的標準不一。

　　將增值稅納稅人劃分為一般納稅人和小規模納稅人運行十多年來，其有利于征管，有利于組織稅收收入，確實起到了積極作用；但隨著我國加入WTO后，全國范圍內推行使用防偽稅控開票的進程加快，又逢七月一日《行政許可法》施行，從納稅人的角度來看，將納稅人的分類帶有一定的歧視性。尤其新辦的商貿企業進行預認定，正式認定各地在實際操作中界定的標準不一，具體表現在：1、預認定滿一年后，未達到法定銷售額標準的，且又無國家稅務總局列舉的五種情形之一的，同時已上防偽稅控系統的，有的地方對其資格予以保留；有的地方則予以取消資格；2、由于需要工商、技術監督局等部門的協同完成，又由于地方各級政府、招商辦招商引資的緣故，往往引進的商貿企業注冊地與實際經營地不一致，有的在同一縣范圍內或同一市（區）范圍內，有的地方予以預認定，有的地方不予以認定；3、有的地方對新辦小型商貿企業必須自稅務登記之日起，一年內實際銷售額達到180萬元，方可申請一般納稅人資格認定，未被認定為一般納稅人之前按小規模納稅人管理，并對其實行輔導期管理制度，輔導期結束后，經主管稅務機關審核同意，可轉為正式一般納稅人，按照正常的一般納稅人管理。4、有的地方對設有固定經營場所和擁有貨物實貨的新辦商貿銷售企業以及注冊資金在500萬元以上，人員在50人以上的新辦大中型商貿企業在進行稅務登記時，即提出一般納稅人資格認定申請的，可認定為一般納稅人，直接進入輔導期，實行輔導期一般納稅人管理，輔導期結束后，經主管稅務機關審核同意，可轉為正式一般納稅人，按照正常的一般納稅人管理。

　　同時對經營規模較大，擁有固定經營場所、固定的貨物購銷渠道，完善的管理和核算體系的大中型商貿企業。可不實行輔導期一般納稅人管理，而直接按照正常的一般納稅人管理。

　　上述設置的各種界定標準，已到了需要制定全國統一標準的時期，或者將制定具體標準下放至省局一級。

　　六、考核增值稅準期申報率只能是權宜之計。對基層稅務機關考核增值稅準期申報率只是一種內部管理措施，在現階段現行征管模式下確實發揮了一定的積極作用，但從稅法的角度來看，既然法律賦予納稅人必須按期如實申報的義務，納稅人若超越法律而超期申報，就應由稅務機關給予相應的行政處罰，以起到懲戒作用，同時稅務機關應做好催報催繳工作。在依法治國、依法治稅的今天，設置準期申報率這一考核指標，是對基層執法信心不足的表現，不是還責于納稅人的做法。

　　七、現行征管模式存在弊端。現行征管模式以計算機為依托是正確的，跨區域實行集中征收在實施初期使人感到成功，隨著改革的不斷深入，出現以下幾點弊端：一是七月一日《行政許可法》的實施，從方便納稅人的角度，需要改革納稅人從一個行政區別另一個行政區申報納稅，且易出現了排長隊的現象，也增加了納稅人相應的成本；二是征收與管理條塊分割，信息資源不能完全共享；三是條塊分割，存在著對轄區內納稅人管理弱化，責任不清的局面，管理分局的片管員疲于應付6.0版的工作流，對轄區內納稅人生產經營狀況、貨幣資金運用情況、稅負、發票使用等情況遠遠不如過去“專管員”那樣熟悉，容易產生監管不力，被追究行政執法過錯的責任。

　　針對上述增值稅在運行過程中存在的問題，應采取七個方面的對策，予以解決，使之完善和有效的運行。

　　對策一：啟動立法程序，彌補法律設計上的缺陷。

　　1、盡快啟動立法程序，填補法律設計上的盲點，即將《征管法》中第35條第6款修改為“納稅人申報的計稅依據明顯偏低或明顯偏高，又無正當理由的。”稅務機關有權核定其應納稅款，修改后可對關聯交易的甲企業通過加價向乙方開具廢舊物資多抵扣的專項稅額進行進項稅額轉出，同時一經發現甲企業虛開、隨意加價開具發票即取消甲企業享受免征增值稅的優惠政策，并給甲、乙企業相應的行政處罰。2、參照國際慣例和國內相關法律，對《征管法》實施細則第21條所稱“從事生產、經營的納稅人外出經營，在同一地累計超過180天的”修改為“在同一地累計超過183天的”，這樣在一定程度上避免納稅人利用時間差鉆法律的空子，避免給國家造成稅款流失和漏管，同時又便于稅務機關操作。

　　對策二：將“補丁”程序上升為行政法規或法律。

　　上層在制定政策時，應盡量避免總局規范性文件與行政法規在增值稅運行過程帶來的沖突，不給基層執法帶來困惑，也要有利于納稅人遵從。1、建議將國稅發（2000）183號規范性文件上升為行政法規，使后面的行政法規否定前面相抵觸的規范性文件或行政法規。2、將《中華人民共和國增值稅暫行條例》中第10條第1款修改為“購進固定資產（除購進增值稅防偽稅控系統專用設備和通用設備外）不得從銷項稅款中抵扣。”3、目前，國家將在東北老工業基地試行消費型增值稅，待試點成功后，應盡快將現行的生產型增值稅改為消費型增值稅，購進固定資產不得從銷項稅額中抵扣的問題便迎刃而解了。

　　對策三：取消“三小票”中“二小票”抵扣進項稅額的規定。

　　1、將“三小票”中“交通運輸”由繳納營業稅改為征收增值稅并納入防偽稅控系統，這樣有利于增值稅鏈條的銜接，也可避免河南許昌市貨運發票虛開26億大案的不時發生。

　　2、將“三小票”中“兩小票”即“農副產品”、“廢舊物資”收購企業由免征增值稅改為按季“先征后返”，日常檢查時一經發現虛開收購專用發票即取消其“先征后返”資格。

　　3、將用農、用廢企業所取得的收購專用發票取消其按13%或10%抵扣進項稅額的規定，一律改為“實耗扣稅法”，并在每月申報時將耗用臺帳、貨幣資金運動情況作為附列資料報送主管稅務機關，其計算公式為當期準予扣除的外購農（用廢）已納稅款=當期準予扣除的外購用農（用廢）買價*外購用農（用廢）的扣除率（或適用稅率）。

　　當期準予扣除的外購用農（用廢）買價=期初庫存的外購用農（用廢）的買價+當期購進用農（用廢）的買價-期末庫存的用農（用廢）的買價。

　　根據上述計算公式，管理部門應將“三小票”企業列入高危企業，加大監管力度，同時將“三小票”企業列入納稅評估的必評對象。

　　對策四：規范對企業庫存商品的處置。

　　稅務機關對企業庫存商品的處置可采用以下幾種方式：1、對惡意注銷企業的庫存商品實行懲戒性措施。將未實現銷售的庫存商品進行進項稅款轉出，補繳增值稅。2、對依法破產導致注銷的，其庫存商品按相關法律處置。3、對改變稅務機關，未發現其虛開、偷稅而注銷的企業，由遷出地稅務機關注明庫存商品傳遞至遷入地機關或在網上進行公布，有利于遷入地對其實施監管。4、對被取消增值稅一般納稅人變為小規模納稅人的，仍正常開展生產經營的，對其庫存商品在實現銷售時按6%或4%征收增值稅；對被取消資格后不生產經營的，宜采取懲戒性措施補繳增值稅。對未實現銷售的庫存商品的處置需啟動立法程序加以規范，從而更有效地避免國家稅款的流失。

　　對策五：加快取消增值稅納稅人劃分的進程。

　　盡管我國區域經濟發展不平衡，納稅人之間的生產經營規模等諸多方面存在著差異，但隨著我國加入WTO，隨著我國推廣使用防偽稅控系統的到位，隨著《行政許可法》的實施，加快了取消將增值稅納稅人劃分的進程。取消劃分有利于為中小型企業（納稅人）提供公平競爭的平臺，也為中介機構的發展提供了一個舞臺。

　　對策六：應取消增值稅準期申報率對基層稅務機關的考核。

　　對基層稅務機關考核其轄區內準期申報率，對加強征管起到一定積極的、制約作用，但隨著依法治稅的深入開展，稅務機關應還責于納稅人，對基層稅務機關考核其準期申報率呈現出上級對下級依法治稅的信心不足，法律賦予納稅人必須如實按期申報，而納稅人超越法律賦予的義務不按期申報，主管稅務機關應依法履行催報催繳和行使行政處罰權就足夠了，所以我認為取消準期申報率的考核是依法治稅進步的具體表現，是評判納稅人未按期申報稅務機關是否“作為”的依據，是提高納稅人遵從稅法的具體體現。

　　對策七：改革現行征管模式，強化管理。

　　一些地市級國稅局實行大集中征收，并成立了征收分局，已顯現出條塊分割，弱化管理的現象，各區局對轄區的管戶的生產經營情況，發票發售使用等情況難以及時監控，同時信息資源不能被最大限度的共享，宜撤銷征收分局，將征收分局受理申報、發票發售等權限下放到各區局，這樣有利于方便納稅人，有利于各區局對轄區內納稅人申報、開票以及是否走逃等異常情況及時監控，宜建立數據處理信息中心，將各區局的數據上傳至市局數控中心，也有利于上級對下級的監控；加快推行網上申報的進度，界定以計算機為依托的網上資料保存的制度，確保網絡運行的安全。進一步界定管理人員的職責，明確何為監管不力？推行“一戶式”的戶籍式管理模式，加強監管和巡查，夯實基礎性工作，提高征管水平，為地方經濟的發展創造公平競爭的稅收環境，同時也降低了執法風險。