討論總機構(gòu)收取的管理費是否繳納營業(yè)稅，首先要了解總機構(gòu)管理費的企業(yè)所得稅規(guī)定，因為總機構(gòu)收取管理費的營業(yè)稅處理規(guī)定源于企業(yè)所得稅的規(guī)定。原《外商投資和外國企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)不得列支向其關(guān)聯(lián)企業(yè)支付的管理費。原《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，凡具備企業(yè)法人資格和綜合管理職能，并且為其下屬分支機構(gòu)和企業(yè)提供管理服務又無固定經(jīng)營收入來源的經(jīng)營管理與控制中心機構(gòu)（以下簡稱總機構(gòu)），可以按照有關(guān)規(guī)定，向下屬分支機構(gòu)和企業(yè)提取（分攤）總機構(gòu)管理費。

　　新《企業(yè)所得稅法》第四十九條規(guī)定，企業(yè)之間支付的管理費不得扣除。該文件明確，無論是內(nèi)資企業(yè)還是外資企業(yè)，無論接受關(guān)聯(lián)方還是非關(guān)聯(lián)方提供的管理或其他形式的管理服務而發(fā)生的管理費，均不得扣除。企業(yè)之間支付的管理費，既有總分機構(gòu)之間因總機構(gòu)提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于企業(yè)所得稅法采取法人所得稅制，對總分機構(gòu)之間因總機構(gòu)提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構(gòu)自動匯總得到解決。對屬于不同獨立法人的母子公司之間，其真實發(fā)生的提供管理服務的管理費，應按照獨立企業(yè)之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業(yè)正常的勞務費用進行稅務處理，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除，從而避免重復扣除的情況。

　　雖然《企業(yè)所得稅法》遵循的是法人稅制，但根據(jù)其第三條的規(guī)定，在中國境內(nèi)設立機構(gòu)、場所的非居民企業(yè)在中國只負有限的納稅義務，就其在中國境內(nèi)所設立的機構(gòu)、場所獲取的來源于中國境內(nèi)的所得和來源于境外但與所設機構(gòu)、場所有實際聯(lián)系的所得納稅。若不允許非居民企業(yè)在中國境內(nèi)所設機構(gòu)、場所，分攤其在中國境外總機構(gòu)所發(fā)生的有關(guān)費用，可能會出現(xiàn)這些機構(gòu)、場所的特定生產(chǎn)經(jīng)營活動費用支出無法得以體現(xiàn)，也不符合收入與支出的配比原則，因此，新《企業(yè)所得稅法》沿襲了原《外商投資和外國企業(yè)所得稅法實施細則》的規(guī)定，允許非居民企業(yè)向其在中國境內(nèi)設立的機構(gòu)、場所分攤有關(guān)費用。對此，《企業(yè)所得稅法》第五十條作了特殊處理，規(guī)定非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立的機構(gòu)、場所，就其中國境外總機構(gòu)發(fā)生的與該機構(gòu)、場所生產(chǎn)經(jīng)營有關(guān)的費用，能夠提供總機構(gòu)出具的費用匯集范圍、定額、分配依據(jù)和方法等證明文件，并合理分攤的，準予扣除，但必須滿足三個條件。

　　關(guān)于總機構(gòu)收取分支機構(gòu)的管理費是否繳納營業(yè)稅的問題，財政部、國家稅務總局并沒有明確的文件出臺，各地在執(zhí)行過程中有不同的規(guī)定。有的地方按照經(jīng)營性收費征收營業(yè)稅，但也有的地方免征或不征營業(yè)稅，如安徽省、廣東省地稅部門曾規(guī)定，基于原企業(yè)所得稅法下，總機構(gòu)管理費是為了解決經(jīng)費不足問題，憑借資產(chǎn)和行政管理職能向下屬企業(yè)收取的，具有劃撥和統(tǒng)籌性質(zhì)，同時，稅務機關(guān)在總機構(gòu)申請收取管理費時在數(shù)額和比例上都作了嚴格的限制，且同意在稅前扣除，沒有必要再征收營業(yè)稅，對符合條件的總機構(gòu)取得的管理費收入免征或不征營業(yè)稅。

　　《企業(yè)所得稅法》及新《營業(yè)稅暫行條例》及細則實施后，總機構(gòu)向分支機構(gòu)收取管理費不可在稅前扣除，而是按獨立交易原則確認。因此，上述各地關(guān)于總機構(gòu)管理費不征或免征營業(yè)稅的規(guī)定自然失效。

　　那么，總機構(gòu)向分支機構(gòu)收取管理費如何繳納營業(yè)稅，我們可以就不同情況進行分析：

　　一、總分公司之間收取管理費的情況

　　新《營業(yè)稅暫行條例實施細則》對“有營業(yè)稅納稅義務的單位”的解釋為：發(fā)生應稅行為并收取貨幣、貨物或者其他經(jīng)濟利益的單位，但不包括單位依法不需要辦理稅務登記的內(nèi)設機構(gòu)。該規(guī)定解決了分公司或分支機構(gòu)可以單獨作為納稅人問題，同時解決單位內(nèi)部發(fā)生應稅行為不納稅問題。內(nèi)設機構(gòu)通常不能單獨用本機構(gòu)的名義行使職權(quán)，要通過所從屬的獨立機構(gòu)的名義來行使所賦予的職權(quán)。

　　因此，對總分公司之間收取管理費或服務費，對收取一方如果是不需辦理稅務登記的內(nèi)設機構(gòu)，則不繳納營業(yè)稅。

　　二、母子公司之間收取管理費的情況

　　母子公司都是法人企業(yè)，均為營業(yè)稅的納稅人，相互之間提供勞務應按正常的勞務進行處理，這一點與國家稅務總局《關(guān)于母子公司間提供服務支付費用有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（國稅發(fā)〔2008〕86號）的規(guī)定是一致的，對母公司向其子公司提供各項服務，雙方應簽訂服務合同或協(xié)議，明確規(guī)定提供服務的內(nèi)容、收費標準及金額等，凡按上述合同或協(xié)議規(guī)定所發(fā)生的服務費，母公司應作為營業(yè)收入申報納稅，子公司作為成本費用在稅前扣除。但母公司以管理費形式向子公司提取費用，子公司因此支付給母公司的管理費，不得在稅前扣除，同時對母公司自行收取的管理費，應該屬于服務性質(zhì)的收費，應按“服務業(yè)”稅目繳納營業(yè)稅。

　　三、向非居民企業(yè)支付管理費的情況

　　根據(jù)《營業(yè)稅暫行條例實施細則》第四條對境內(nèi)提供條例規(guī)定的勞務的界定：提供或者接受條例規(guī)定勞務的單位或者個人在境內(nèi)，因此，對中國境內(nèi)企業(yè)接受境外企業(yè)的管理服務而支付的管理費，由于接受方在中國境內(nèi)，也應繳納營業(yè)稅。