方法一：操作日志審計法
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    操作日志是指對進入會計軟件中的所有操作進行實時跟蹤記錄，從而確保所有經授權或未經授權的接觸和修改活動都留有痕跡（類似于飛機的“黑閘子”），以提高計算機系統的安全性，為以后的電算化審計留下線索。其內容應包括操作人員工號、操作人員姓名、操作日期、進入時間，退出時間、使用模塊名稱、運行狀態等。操作日志文件的作用是通過真實記錄在計算機上進行的各種操作，來保證數據的安全性、真實性、完整性；便于加強企事業單位會計電算化工作的內部監督、控制和審計；方法系統進行維護；同時也為以后的審計工作留下線索。為了進一步實現內部控制，從而進一步提高會計信息的安全性，操作日志應包括機制操作日志和手工操作日志，前者是由會計軟件系統自動生成；后者則應由上機操作人員手工如實填寫。審計人員在進行審計前可以仔細閱讀操作日志，并對其中一些特殊情況（如：反復核、反登賬、反結賬、日志短缺等）進行記錄，作為審計證據保管。目前有部分開展會計電算化的單位在查賬前往往會利用財務軟件中提供的反復核、反登賬、反結賬等功能進行賬戶調整，致使審計人員看到的往往不是該單位真實的賬戶情況。通過操作日志可以發現這種情況的存在，審計人員在查賬過程中，再通過一些蛛絲馬跡來加以證實。這樣就可以有效防止因人為調賬而帶來的損失，從而確保審計工作的有效性、安全性、準確性、完整性。
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　　方法二：通審軟件審計法
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    隨著全球信息技術的迅猛發展，我國大部分企事業單位都實現了會計電算化，不少單位還甩掉了手工賬，并采用局域網絡來管理財務。企事業單位會計電算化的實現，給審計部門、稅務部門及會計（審計）師事務所的審計工作產生了重大影響。這些影響主要表現在：一是會計賬務由分工處理變為集中處理削弱了分工處理時的內部牽制和職責分工，容易產生舞弊而發生審計風險。二是傳統的審計工具如算盤、計算器、手工記錄、審計檔案紙介質化等已很難適應會計數據電子化的需要，產生的直接后果是人海戰術工作方式下的低效率、高成本。三是傳統的審計查賬方法（順查、逆查或抽查），主要適用于手工記賬方式即繞過計算機審計方式。四是審計準則的具體要求。因此，必須有與會計電算化和審計工作規范化相適應的計算機審計工具。目前在國際上已形成一套比較完整的計算機審計理論和方法，而在我國第一套計算機通用審計系統是通審2000（由北京通審軟件技術有限責任公司研制成功），它的出現將填補我國計算機審計軟件工具的空白。通審軟件將在審計領域形成突破性變革，它將改變事務所現有的人海戰術的工作模式，取而代之的將是現代化的計算機審計輔助工具的廣泛應用，審計人員將大大減少，而工作效率將成倍提高，從而降低審計成本和審計風險。該系統在客戶提供相應的數據庫及資料的情況下，就可以將各種財務軟件的電子賬數據轉換成該系統使用的電子數據庫數據，它不僅可以有效解決不同財務軟件數據接口、操作方法不一致的缺陷，還可以對財務軟件本身進行測試，以防一些欺詐性程序的存在，從而解決了計算機審計的通用性問題。審計部門在進行審計時可以充分利用該軟件，能真正做到有效記錄審計軌跡，保證審計質量，避免審計風險。
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    方法三：突擊審計法
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    目前，我國絕大多數審計工作都會在事前擬訂好審計工作方案，然后送達一份審計通知書到被審計單位，要求被審計單位提前準備各項資料。這種做法的優點是可以提高審計工作效率、降低審計成本，缺陷是被審計單位有充足的時間進行賬務調整，使得審計人員往往無法全面、準確地看到被審計單位真實的財務資料，會產生一定的審計風險，也難以確保審計工作質量。這種做法只適用于手工會計，因為在手工操作下，要大幅度調整賬簿，不是短時間內能完成的，而且往往會留下痕跡；而實現會計電算化后，會計人員可以在很短的時間內對賬簿進行大幅度調整，而且可以不留痕跡。因此，審計部門可以嘗試采用突擊審計法，審計人員在對被審單位實施審計前，不預先把審計的目的、內容和日期通知被審計單位，直接對其實施審計。審計人員在審計時可以借助于一些輔助審計軟件將該單位的電腦原始賬務數據下載下來，再按事先擬訂的審計工作方案的要求，對其實施有效審計。采用這種方法可以有效防止人為調賬、賬外賬現象的發生。
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    方法四：兩頭審計法
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    兩頭審計法又稱繞過計算機審計法，它是在審計過程中，審計人員通常繞過計算機進行審計，即將計算機視為接受數據輸入、產生信息輸出的“黑箱”，置之不理，只是對輸入數據和輸出信息加以審核，并且將兩者結果加以核對。兩頭審計法實際上是審計人員對當前出現的電算化會計系統所采取的一種手工審計的方法。因為電算化會計剛剛逐步普及，審計人員對電算化會計系統的了解和掌握的知識結構不同，而且大部分審計人員對電算化會計系統的了解還很膚淺，相當一部分的審計人員還不熟悉計算機，所以，審計人員根本無法對電算化會計系統進行直接的審計，只能對電算化會計系統的兩頭進行審計。另一方面，在確認電算化會計系統程序是否可靠、可信賴的一個數據處理系統時，采用兩頭審計的方法也是一種比較直觀的審計方法，與原來手工審計的方法沒有多大的區別，即使沒有計算機知識的審計人員或不具備計算機審計條件的單位，也可以進行。因此，對電算化會計系統的兩頭審，也是審計人員樂于接受和普遍采用的一種審計方法。但是，隨著電算化會計數據處理技術的發展，計算機在會計系統中不僅具有強大的計算和處理數據分析的能力，還有強大的存儲功能，而打印出來的數據，只能是為數有限的一部分，僅包括上報的報表和內部管理所需的文件，其他一切中間報表和手工計算所必需的計算底稿，都存儲在計算機內并不打印輸出，再次，兩頭審計法忽視了對電算化會計系統程序本身的審計，有些不合格的電算化會計程序和不法分子在電算化會計程序里作弊、弄虛作假，也給審計人員造成假象，無法真正地了解經濟業務的各種處理結果的真實性、可靠性和安全性。因此，對電算化會計系統采用兩頭審計法只能是一種過渡性的被動方法，要真正擔負起對電算化會計系統的審計任務，只有對電算化會計系統進行直接的審計。
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    方法五：賬外賬審計法
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    隨著我國企事業單位會計電算化工作的日益普及，再加上會計人員財務軟件應用水平的日益提高，由此也帶來了一個新的問題：有部分單位和部分會計人員會利用電腦做幾套賬來應付不同部門的檢查，給國家稅收、財政預算、金融資金、項目投資帶來了極大的危害。據美國《電子計算機世界》1984年的資料披露，美國因電腦犯罪而發生的各種損失每年高達1億美元以上。為了能有效防止和降低因賬外賬而導致的損失，審計人員在審計時可以采用以下幾種方法：

　　1.突擊清查所有賬簿。目前在絕大多數財務軟件上都可以建立若干套賬，為此審計人員有必要將每一套賬都打開，逐套清查，以便發現它們的勾聯關系，實施有效的審計。

　　2.突擊清查計算機內所有程序和數據。有些單位在同一臺電腦上會裝上幾套財務軟件，他們會根據需要，將其中某一套公開應付檢查，而將其他幾套隱藏起來，審計人員在審計過程中，就有必要借助于一些工具軟件將該電腦中的所有程序和數據都打開，逐個清查，以找出賬外賬的藏身之處。

　　3.突擊清查財務部門所有計算機。部分單位財務部門會配上幾臺計算機，并在不同的計算機中存放不同的賬來應付不同部門的檢查，因此，審計人員應將財務部門每一臺計算機都打開，逐臺清查，不留死角。

　　4.突擊清查所有對外報送的財務資料。由于出于自身利益的考慮，有部分單位對外報送財務資料時會有所差異，審計人員可以到一些相關部門抽取相應資料進行對比分析，以找出其中的一些欺詐行為，確保審計工作的安全性、完整性。